«وصیت نامه سیدعلی خامنه ای مرقومه لیله یکشنبه 27شوال 1382» (فروردین 1342 شمسی) یعنی فردا شب حادثه مدرسه فیضیه نوشته ام. متن وصیت نامه این است:
بسم الله الرحمن الرحیم
«عبدالله علی بن جوادالحسینی الخامنه ای غفرالله لهما یشهد ان لااله الاالله وحده لا شریک له و ان محمداً صلی الله علیه و آله عبده و رسوله و خاتم الانبیاء و ان ابن عمه علی بن ابیطالب علیه السلام وصیه سیدالاوصیاء و ان الاحد عشر من اولاده المعصومین صلوت الله علیهم الحسن و الحسین و علی و محمد و جعفر و موسی و علی و محمدو علی و الحسن و الحجه اوصیائه و خلفائه و امناءالله علی خلقه و ان الموت حق و المعاد حق و الصراط حق و الجنه و النار حق و ان کل ما جاء به النبی صلی الله علیه و آله حق. اللهم هذا ایمانی و هو ودیعتی عندک اسئلک ان تردها الی و تلقیها ایای یوم حاجتی الیها بفضلک و کرمک.

مهم ترین وصیت من آن است که دوستان و عزیزان و سروران من، کسانی که بهترین ساعات زندگی من با آنان و یاد آنان سپری شده است، مرا ببخشند و بحل کنند و این وظیفه را به عهده بگیرند که مرا از زیر بار حقوق الناس رها و آزاد نمایند. ممکن است خود من نتوانم از همه کسانی که ذکر سوءشان بر زبانم رفته و یا بدگوئیشان را از کسی شنیده ام، حلیت بطلبم. این کار مهم و ضروری را باید دوستان و رفقای من برای من انجام دهند.
دارایی مالی من در کم هیچ است، ولی کفاف قرض های مرا می دهد. تفصیل قروض خود را در صفحه جداگانه یادداشت می کنم که از فروش کتب مختصر و ناچیز من ادا شود. هر کسی هم که مدعی طلبی از من شود، هر چند اسمش در آن صفحه نباشد، قبول کنند و ادا نمایند،... پنج شش سال نماز هر چه زودتر ادا و مرا از رنج این دین الهی راحت کنند (البته یقیناً آن قدر مقروض نبودم، ولی احتیاط کردم. (مبلغی به عنوان رد مظالم بابت قروض جزئی از یاد رفته به فقرا بدهند.

از همه اعلام و مراجع و طلاب و دوست و آشناها و اقوام و منسوبین من استحلال شود. (چون آن روزها نق و نوق علیه آقایان در جلسات زیاد بود که چرا فلانی اقدام نکرده، فلانی چرا این حرف را زده و این مطلب را گفته است، لذا خواستم از آقایان اعلام و مراجع حلیت طلب کنند.)
و گمان می کنم بهترین راه این کار آن است که عین وصیت نامه مرا در مجلسی عمومی که آشنایان من باشند، قرائت کنند.

پدر و مادرم که در مرگ من از همه بیشتر عزادار هستند، به مفاد حدیث شریف اذا بکیت علی شیء فابک علی الحسین، به یاد مصائب اجدادمان از من فراموش نخواهند کرد ان شاءالله تعالی.

گویا دیگر کاری ندارم. اللهم اجعل الموت اول راحتی و آخر مصیبتی و اغفرلی و ارحمنی بمحمد و آله الاطهار.
العبد علی الحسینی الخامنه ای